这套中央官制体系严密，分工明确，且相互制衡，所有官员均由皇帝任免，直接对皇帝负责，确保了皇权的高度集中。与分封制下诸侯割据、王权旁落不同，“三公九卿”制度将全国的政治、军事、司法等权力全部集中到皇帝手中，奠定了中国两千多年中央集权制度的基础。
2. 推行郡县制与地方治理革新
在地方行政制度上，秦始皇面临着“分封”与“郡县”的争论。丞相王绾等大臣认为“诸侯初破，燕、齐、荆地远，不为置王，毋以填之”，建议分封秦始皇的子弟为王，镇守边远地区。但廷尉李斯坚决反对，认为分封制会导致“诸侯更相诛伐，周天子弗能禁止”，重蹈春秋战国的覆辙，主张推行郡县制。
秦始皇采纳了李斯的建议，认为“天下共苦战斗不休，以有侯王。赖宗庙，天下初定，又复立国，是树兵也，而求其宁息，岂不难哉！”。他下令在全国推行郡县制，将全国分为36郡（后增至40余郡），郡下设县，县下设乡、里、亭等基层组织。
郡的长官为郡守，掌管一郡的行政、军事和财政大权；郡丞协助郡守处理政务；郡尉掌管军事。县的长官为县令（万户以上）或县长（万户以下），掌管一县政务；县丞协助县令；县尉掌管军事。乡设三老（掌管教化）、啬夫（掌管诉讼和赋税）、游徼（掌管治安）。里设里正，亭设亭长（如刘邦曾为泗水亭长），负责基层治安和徭役征发。
郡县制的推行是中国地方行政制度的重大变革，它将地方的权力收归中央，郡县长官均由皇帝直接任免，不得世袭，彻底打破了分封制下“国中之国”的局面，实现了中央对地方的直接控制。这一制度被后世王朝沿用两千余年，对维护国家统一和中央集权起到了至关重要的作用。为了加强对地方的控制，秦始皇还下令“书同文、车同轨、统一度量衡”，从文化、经济等层面巩固郡县制的推行。
3. 统一文字、货币与度量衡
（1）书同文：消除文化隔阂
战国时期，各国“言语异声，文字异形”，同一汉字在不同国家有不同的写法，如“马”字在秦国写作“马”，在赵国写作“”，在楚国写作“”，严重阻碍了文化交流和政令传达。秦始皇统一六国后，命丞相李斯主持文字统一工作。
李斯以秦国的小篆为基础，吸收其他各国文字的优点，制定了一套标准文字，称为“秦篆”（小篆），作为全国通用的官方文字。他还编写了《仓颉篇》，作为推广小篆的识字课本。同时，为了提高书写效率，狱吏程邈在小篆的基础上简化出一种新的字体，称为“隶书”，逐渐在民间流行。
“书同文”的推行，消除了六国之间的文化隔阂，使文字成为连接全国的精神纽带，极大地促进了文化的传播和发展，对中国文化的统一和延续起到了决定性作用。出土的里耶秦简、睡虎地秦简等文物中，大量秦篆和隶书的记载，证实了当时文字统一的成效。
（2）统一货币：规范经济秩序
战国时期，各国货币形制各异，秦国使用圆形方孔钱（半两钱），赵国使用铲形币（布币），齐国使用刀形币（刀币），楚国使用蚁鼻钱（鬼脸钱），货币的不统一严重阻碍了商品经济的发展和国家财政收入的稳定。
