1355年，郭子兴病逝，朱元璋成为这支起义军实际上的领袖。他奉韩林儿为帝，年号龙凤，但保持着自己的独立性。次年，朱元璋攻占集庆（今南京），改名为应天府，并以此为中心建立自己的根据地。
在应天，朱元璋采取“高筑墙、广积粮、缓称王”的战略方针，注重巩固根据地，发展农业生产，恢复经济秩序。他设立营田司，命令将士屯田种地，且耕且战，不仅解决了军粮问题，也减轻了百姓负担。这些措施使得朱元璋集团在群雄割据的乱世中逐渐积累起强大的物质基础。
与此同时，朱元璋注重招贤纳士，聚集了一批杰出的文武人才。文有李善长、刘基、宋濂等谋士，武有徐达、常遇春、汤和等将领，形成了一个强大的人才集团。朱元璋能够识别人才、重用人才，并且善于听取不同意见，这是他最终能够成功的重要原因之一。
在军事上，朱元璋面临着多线作战的复杂局面。西有陈友谅，东有张士诚，东南有方国珍，南有陈友定，北方则是元朝残余势力。其中陈友谅和张士诚势力最为强大，对朱元璋构成直接威胁。
1360年，陈友谅率大军进攻应天，企图一举消灭朱元璋。面对强敌，朱元璋采纳刘基的建议，采取诱敌深入的策略，在龙湾设伏大败陈友谅。这场胜利巩固了朱元璋在江淮地区的地位，也改变了与陈友谅的力量对比。
1363年，朱元璋与陈友谅在鄱阳湖展开决战。陈友谅拥兵六十万，巨舰数百艘；朱元璋仅二十万人，多为小船。朱元璋采用火攻战术，乘风纵火，焚毁陈友谅大量战舰。激战中，朱元璋的坐舰一度被炮石击碎，险遭不测。最终，陈友谅中流矢而死，其子陈理投降。这场中国水战史上著名的以少胜多的战役，奠定了朱元璋统一南方的基础。
消灭陈友谅后，朱元璋将矛头指向张士诚。1365年，朱元璋发布《平周檄》，虽仍用龙凤年号，却指责张士诚对元朝叛服无常。1366年，朱元璋派徐达、常遇春率二十万大军进攻张士诚。经过十个月的围攻，平江城破，张士诚被俘后自缢而死。
第四章 北伐中原统一天下
在基本平定南方后，朱元璋开始筹划北伐。1367年十月，朱元璋任命徐达为征虏大将军，常遇春为副将军，率二十五万大军北取中原。出征前，朱元璋发布《谕中原檄》，提出“驱逐胡虏
